Евгений Попантонопуло родился в 1983 г. в Новосибирске.

В 2005 г. закончил Сибирский государственный университет телекоммуникаций и информатики по специальности программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем с квалификацией «инженер».

С 1998 по 2002 гг. работал оператором ЭВМ Московской финансово-юридической академии (Новосибирский филиал). С 2002 по 2005 год работал генеральным директором компании «Инспирэйшн», с 2005 г. – экспертом комитета компьютерных технологий администрации Новосибирской области, а с 2007 г. – начальником информационно-аналитического отдела компании «КомСиб».

В 2008 г. – Евгений Попантонопуло был назначен заместителем директора «Атлас-Сибирь», а в 2010 г. – заместителем начальника филиала по технической политике, заместитель начальника филиала по развитию ФГУП «Связь-безопасность» — Управления ведомственной охраны по г. Новосибирску, Новосибирской области и Сибирскому федеральному округу.

До этого департаментом руководил Вячеслав Шибанов, который в июле 2013 г. скоропостижно скончался на 52-м году жизни. В мэрии Новосибирска он проработал около 13 лет и, по словам коллег, «стоял у истоков телекоммуникационной отрасли сибирского мегаполиса».